巧克力囊肿如果不治疗，不仅会导致月经时腹痛的情况严重，而且也有可能会影响到卵巢的功能，从而导致患者出现受孕困难等症状。

巧克力囊肿不治疗，囊肿逐渐加重，患者可能出现痛经，初始时疼痛较轻，后期疼痛逐渐加重，可能影响正常生活，严重时需要服用止痛药物进行治疗，部分患者即使不来月经时也会疼痛，称为慢性盆腔痛。如果不治疗的话，也存在一定恶变的概率。从而导致患者出现受孕困难等症状。

对于有慢性盆腔痛、经期痛经症状明显、伴有较小囊肿、有生育要求的患者可采取药物治疗。遵医嘱使用药物治疗，常用的药物有醋酸甲羟孕酮、甲地孕酮或炔诺酮等。较大的卵巢内膜异位囊肿，特别是卵巢包块性质未明者，需采用手术治疗。